La fonction des groupes protecteurs est d'isoler des groupes fonctionnels spécifiques pendant le processus de synthèse, en les protégeant des interférences et en supprimant les groupes protecteurs uniquement après avoir terminé des réactions spécifiques pour restaurer l'activité de la molécule cible. Le processus d'élimination des groupes protecteurs nécessite généralement des conditions douces pour éviter d'endommager la molécule cible. Par exemple, la méthode d'élimination du ROH des alcools protégés consiste généralement à produire des éthers (ROR') ou des esters (ROCOR'), puis à les hydrolyser ou à les acidifier dans des conditions appropriées.
En résumé, le rôle des groupes protecteurs dans la synthèse du PNA est crucial, car ils garantissent une synthèse efficace de molécules complexes, évitent les réactions non cibles et peuvent être éliminés sélectivement si nécessaire pour obtenir des produits PNA purifiés.